교무와 학사 등 3개 영역으로 분리해 새로 구축키로 한 교육행정정보시스템(NEIS)를 둘러싼 갈등이 내내 문제가 됐다.

모든 학사 정보와 학생 기록을 통합하는 것이 학생들의 인권침해가 될 수 있다는 것을 국가인권위원회가 인정한 이후 정부와 전교조 등 교원단체 간 이행을 둘러싼 합의 여부가 최고의 관심사였다.

당시 교육부는 각 학교별로 서버를 설치할 경우 1조원 이상 추가비용이 발생한다고 주장했고, 전교조는 중앙 정부가 전체 서버를 관리할 경우 생기는 우려를 들어 문제제기를 했다.