과학기술 100년 대계의 메카가 될 국제과학비즈니스벨트(과학벨트)가 세종시 입지와 맞물려 논란의 한 중심에 있었다. 과학벨트는 이명박 대통령의 과학 분야 핵심 공약으로 3조원이 넘는 예산을 투입해 자족기능을 갖춘 교육도시에 기초과학연구원과 세계 최고 중이온가속기를 설치하는 것이 주요 계획이었다.

그러나 정운찬 국무총리의 세종시 원안 수정 방침이 발표된 이후부터 과학벨트가 세종시 대안용으로 지목되면서 과학벨트는 정치적 이슈로 변질됐다. 여야의 대립 속에 과학벨트 추진을 위한 특별법이 표류했으며 기초과학연구원 설립을 위한 예산 확보도 이뤄지지 않았다.

국무총리실은 세종시를 행정중심도시가 아닌 교육과학도시로 조성한다는 가닥을 잡았지만 여전히 과학벨트 용지는 확정되지 못했다. 과학기술계는 이 같은 상황에 대해 과학벨트가 정치적 목적에 악용돼서는 안 되며 오로지 과학기술 발전을 고려하고 과기계의 목소리를 반영해 추진돼야 한다며 한목소리를 냈다.

이후 각 지역자치단체와 정치권까지 나서 격론을 벌였으며 결국 대덕연구단지로 결론이 났다.

과학 정책이 정치논쟁에 휩싸여 불필요한 시간을 버린 대표적 사례로 꼽힌다.